El Instituto ofrece como otro título propio suyo el de Especialista en Ejercicios Espirituales, en colaboración con la Escuela de Ejercicios del Centro de Espiritualidad San Ignacio de Salamanca. Con él desea preparar tanto a religiosas y religiosos como a sacerdotes y laicos, formadores y agentes de pastoral, en el conocimiento y práctica de dar los Ejercicios Espirituales ignacianos. Su plan de estudios contiene una parte teórica y otra práctica. A la primera corresponden seis sesiones repartidas a lo largo de tres años, a un ritmo de dos al año. En ellas, guiados por expertos en Ejercicios, se recorren todo el texto ignaciano, su interpretación y su modo de aplicación.
La parte práctica consiste en la elaboración de las memorias correspondientes a las sesiones, acompañamiento de un tutor, participación activa en tandas y elaboración de un proyecto de Ejercicios de ocho días.